Dějiny farnosti jsou od počátku neodmyslitelně spojeny s dějinami obce Mistřín, o níž jsou první zmínky r. 1228. V tomto roce byl Mistřín nadační listinou věnován spolu s dalšími 50 obcemi velehradskému klášteru. Velehradský opat Lupin ustanovil jako prvního  faráře v samostatné farnosti Mistřín kněze cisterciáckého řádu Werhnera. Svatobořice byly přifařeny k farnosti Mistřín r. 1349. Původní kostel mistřínský, zasvěcený Nanebevzetí Panny Marie, kamenný, pozdně románského slohu, stál v místech zvaných dnes Kostelíky. Jeho památku připomíná dubový kříž. Fara stávala opodál, v místech, kde vede hlavní silnice Hodonín-Kyjov.

            Nynější kostel byl postaven v r. 1743 na návrší mezi Mistřínem a Svatobořicemi na místě dřevěné zvonice. Dávnou tradici naší farnosti připomíná kamenná křtitelnice z původního kostela, instalovaná dnes vedle presbytáře pod sousoším sv. Jana Křtitele a Krista. Nový kostel byl vysvěcen 2. července 1743 na svátek Navštívení Panny Marie a tomuto tajemství byl také zasvěcen. Tento den se tak začaly slavit původní mistřínsko-svatoborské  hody.

            17. listopadu 1940 proběhlo po rozsáhlých stavebních úpravách znovuvysvěcení a kostel v této podobě zůstává podnes. Jen termín hodů se přesunul z července na listopad.

            Život farnosti je i v dnešní moderní době úzce spjat s životem občanským. Duchovní a světský rozměr života nachází své vyjádření ve spojení folklorních tradic a slavení křesťanských svátků, z nichž nejvíce vyniká slavnost Božího Těla a posvěcení chrámu - hody.

            Chod farnosti projednává 11členná pastorační a ekonomická rada, která se schází každý měsíc. Farní úřad vydává informační občasník Farní zpravodaj. Výuku římskokatolického náboženství zajišťují ve školním roce 2003/2004 čtyři laici – absolventi katechetických kursů a pedagogických škol.